Tumbuhan paku dapat dikelompokkan sebagai berikut.
- Divsi Psilophyta merupakan kelompok paku yang paling primitif, yaitu belum mempunyai struktur akar(brupa rhizoma) dan sebagaian besar belum mempunyai daun. Sporangium terletak di ketiak daun. Contohnya adalah Psilotum nudum.
- Divisi Lycopodophyta mempunyai daun-daun kecil atau berbentuk jarum atau sisik. Batangnya seperti kawat yang bercabang-cabang. Contohnya Lycopodium clavatum yang digunakan sebagai obat-obatan, Lycopodium cernuum yang digunakan sebagai karangan bunga, dan Selaginella.
- Divisi Equisetophyta hidup di pegunungan atau rawa-rawa. Mempunyai rhizoma yang menjalar. Batangnya mengandung zat kersi yang dapat digunakan sebagai penggosok logam. Daunnya menyerupai jarum tersusun dalam suatu lingkarang. Contohnya adalah rumput betung (Equisetum debile).
- Divisi pteridophyta dianggap paku sejati atau paku benar. Ada yang hidup di darat dan ada pula yang hidup di air. Bentuk daun lebar, kedudukan daun menyirip, daun tulang daunnya jelas terlihat. Daun mudah menggulung dan sorus terletak dibawah permukaan daun. Contohnya adalah rumput betung (Cyanthea), paku tanduk rusa (Platycerium bifurcatum), suplir (Adiantum cuneatum), semanggi (Marsilia crenata), dan paku air (Azolla pinnat).